政策规定，对经济特区和上海浦东新区内在2008年1月1日之后完成注册登记的国家需要扶持的高新技术企业，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。政策规定了在特定区域内2008开始新注册登记的高新技术企业可以享受享受企业所得税“两免三减半”政策优惠，这是清晰明确的，但问题在于新登记注册的企业获得各地高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书需要一个时间过程，实际工作中，注册登记后一般不经过一个完整会计年度以上是无法取得高新技术企业认定证书的，部分企业甚至三至五年后才能申报取得。企业取得高新技术资格证书时间和注册登记时间存在较大差异，在认定优惠政策起始年度上存在三种不同的理解：一是按照注册登记日开始计算，取得高新技术证书后，对以前年度办理退税；二是按照注册登记日开始计算，取得高新技术证书后，在剩余期内享受优惠政策；三是按照取得高新技术证书后开始计算，在有效期内执行。基于上述三种不同的理解，各地税务机关在实际执行中对于符合条件的高新技术企业“两免三减半”政策优惠起始年度的确定存在不同的认定标准，影响了税收政策执行的统一和税负的公平，对于高新技术企业“两免三减半”政策优惠起始年度的认定有待进一步明确。

　　鉴于企业所得税“两免三减半”税收优惠政策基本目的是对于符合条件的高新技术企业进行重点扶持，而且高新技术企业申报认定有一个时间过程，建议明确高新技术企业所得税“两免三减半”优惠政策起始年度按照取得高新技术认定证书后开始计算确认。